ठीक है, मुझे बेस 64 स्ट्रिंग को नोड के भीतर एक GUID प्रारूप में प्राप्त करने का समाधान मिल गया है, इसे परिवर्तित करने के लिए इसे करने की आवश्यकता है:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
और अब मैं डेटाबेस को इस तरह से क्वेरी कर सकता हूं:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});