जैसा कि अन्य ने कहा है, आपको वास्तव में पीडीओ का उपयोग करना चाहिए। लेकिन, आपके प्रश्न का उत्तर देने के लिए, mysql_num_rows आपका समाधान है।
$query = mysql_query("SELECT * FROM products WHERE code='$line_of_data[0]' AND alert_quantity = '$line_of_data[1]'") or die(mysql_error());
if (mysql_num_rows($query))
// Data is already in database
else
// Data not in database
