आपके पास दोनों क्षेत्रों में एक अनुक्रमणिका होनी चाहिए
ALTER TABLE alert_hit ADD INDEX `IDX-alert_id-timestamp` (`alert_id`, `timestamp`);
साथ ही MySQL पहले फ़ील्ड तक मल्टी कॉलम इंडेक्स का उपयोग करेगा, जिसके लिए WHERE क्लॉज में एक रेंज कंडीशन है, इसलिए इस मामले में ऑर्डर मायने रखता है और timestamp अनुक्रमणिका में अंतिम होना चाहिए।
जैसा कि @spencer7593 ने COUNT(1) . को चुनकर सुझाया है count(id) . के बजाय बेहतर भी हो सकता है।