एक समान समस्या में भाग गया और मेरी समस्या यह थी कि MySQL ने स्वयं को गैर-डिफ़ॉल्ट पोर्ट पर चलाने के लिए कॉन्फ़िगर किया था। मुझे इसका कारण नहीं पता, लेकिन यह पता लगाने के लिए कि MySQL किस पोर्ट पर चल रहा है, MySql क्लाइंट में निम्नलिखित को चलाएँ:
SHOW GLOBAL VARIABLES LIKE 'PORT';