आपकी समस्या यहां अपडेट फ़ंक्शन में है
User.update(
{'_id':user_id}, // you not need to use ObjectId here
{ $pull: { '_carts': { _id: cart_id }}},
function(err,result){
// can you give here the output of console.log(result);
}
)
User.save();