आपको $elemMatch(projection) का उपयोग करना होगा . नीचे जैसा कुछ काम करना चाहिए।
import static com.mongodb.client.model.Projections.elemMatch;
Bson filters = and(eq("userId", userId));
Bson projections = fields(elemMatch(ARRAY_FIELD_NAME, eq("id", id)), excludeId());