यह प्रश्न पुराना हो सकता है, लेकिन मुझे एक ही समस्या का सामना करना पड़ रहा था और एक और समाधान मिला जो दूसरों के लिए काम कर सकता है।
जोड़ना ?authSource=admin आपके MONGO_URI . के अंत तक वेरिएबल आपके क्रेडेंशियल्स को उस व्यवस्थापक डेटाबेस के विरुद्ध प्रमाणित करेगा, जिससे आप कनेक्ट कर रहे हैं।
उदाहरण:app.config["MONGO_URI"] = "mongodb://username:example@sqldat.com:port/db_name?authSource=admin"