दुर्भाग्य से मुझे यह नेस्टेड BasicDBObjects के साथ काम करने के लिए नहीं मिला।
अंत में मैं डॉट नोटेशन का उपयोग कर रहा था जो ठीक काम करता है:
// This query fetches the files I need
BasicDBObject query = new BasicDBObject("metadata.target_field", "abcdefg"));
List<GridFSDBFile> files = gridFs.find(query);
