मुख्य अंतर यह है कि दस्तावेज़ स्टोर (जैसे MongoDB और CouchDB) मनमाने ढंग से जटिल दस्तावेज़ों की अनुमति देते हैं, यानी उप-दस्तावेज़ों के भीतर उप-दस्तावेज़, दस्तावेज़ों के साथ सूचियाँ, आदि जबकि कॉलम स्टोर (जैसे कैसेंड्रा और HBase) केवल एक निश्चित प्रारूप की अनुमति देते हैं, उदा। सख्त एक-स्तरीय या दो-स्तरीय शब्दकोश।
