तो यह पता चला, कि जिस तरह से मैं आयात कर रहा था वह गलत था।
लेकिन मूल रूप से, आयात ऐसा होना चाहिए:
import clr
import sys
sys.path.append(os.path.abspath('./DLL')) #where your dlls are
clr.AddReference('System')
clr.AddReference('FluentNHibernate')
from FluentNHibernate.Cfg.Db import PostgreSQLConfiguration
यदि कोई अन्य DLL इसे clr में आयात करता है, तो DLL आयात करने की कोई आवश्यकता नहीं है।