मुझे पोस्टग्रेज़ डीबी और डॉकर-कंपोज़ के साथ चलने वाले एक Django ऐप के साथ बिल्कुल वही समस्या थी।
यह पता चला है कि मेरे ऐप का डॉकरफाइल एक एंट्रीपॉइंट का उपयोग कर रहा था जिसमें निम्न आदेश निष्पादित किया गया था:python manage.py flush
जो डेटाबेस में सभी डेटा को साफ़ करता है। चूंकि यह हर बार ऐप कंटेनर शुरू होने पर निष्पादित होता है, यह सभी डेटा को साफ़ करता है। इसका डॉकटर-कंपोज़ से कोई लेना-देना नहीं था।