समाधान यह था कि मॉडलों को __init__.py फ़ाइल में इस प्रकार आयात किया जाए:
def create_app():
app = Flask(__name__)
app.config.from_object(os.environ['APP_SETTINGS'])
from project import models
db.init_app(app)
migrate.init_app(app, db)
return app