समाधान @Dan ने स्वयं पाया (प्रतिनिधि के कारण पोस्ट नहीं किया जा सका)
मुझे इस समस्या का समाधान केवल क्वेरी में "EXEC" कीवर्ड जोड़ना था:
var myEntities = dbContext.Database.SqlQuery<MyEntity>("EXEC GetDataFromMySp @EntityId = {0}", entityId);
इस समाधान ने SQL सर्वर 2005 के साथ समस्या को ठीक किया और अभी भी SQL Server 2008 R2 के साथ काम किया।