MERGE आम तौर पर तेज़ होता है क्योंकि कम DML संचालन होते हैं, और यह दस्तावेज़ीकरण से अनुशंसित दृष्टिकोण भी है। "पारंपरिक" तरीके से, आप तालिकाओं को दो बार संसाधित कर रहे हैं - एक बार अस्तित्व की जांच करने के लिए और एक बार अपने डीएमएल को निष्पादित करने के लिए। MERGE के साथ, सब कुछ एक ऑपरेशन के साथ समाहित है - इसलिए जारी किए गए ताले का एक सेट, लॉगिंग का एक सेट, आदि।
हालाँकि, यह बहुत ही व्यक्तिपरक है कि आपके प्रश्न वास्तव में क्या कर रहे हैं। आपको शायद मेर्ज स्टेटमेंट परफॉर्मेंस को ऑप्टिमाइज़ करना एमएसडीएन पर।