यहां मुद्दा कुछ चीजों के रूप में समाप्त हुआ। जैसा कि अबर्नर्ट ने प्रश्न की टिप्पणियों में बताया, सिस्टम पायथन और वर्चुअलएन्व पायथन का मिश्रण था। इसे हल करने के लिए मुझे PyDev प्रोजेक्ट के प्रोजेक्ट गुणों को केवल virtualenv python उदाहरण को इंगित करने के लिए बदलना पड़ा, फिर PyDev दुभाषिया प्राथमिकताओं में मुझे PYTHONPATH का पुनर्निर्माण करना पड़ा।
ऐसा करने के बाद, वर्चुअलएन्व में मुझे निम्नलिखित कोड चलाना पड़ा:
pip uninstall mysql-python
pip install mysql-python==1.2.5
इससे सभी मुद्दे हल हो गए।