सुनिश्चित नहीं है कि आप इसे इस तरह क्यों करना चाहते हैं, बेहतर तरीके हैं लेकिन अपने प्रश्न का उत्तर देने के लिए इसे इस तरह करें:
$queryDel = "
delete from inscription where NUM_INSCRIPTION= $NUM_INSCRIPTION ;
delete from bource where ID_BOURCE = $ID_BOURCE ;
delete from class where ID_CLASS = $ID_CLASS ;
delete from project where ID_PROJECT = $ID_PROJECT ;
delete from annee_scolaire where ID_ANNEE = $ID_ANNEE ;
delete from eleve where CIN_ELEVE = '$InputCIN'; ";
$result=mysqli_multi_query($con,$queryDel);
और परिणामों को साफ़ करना भी याद रखें अन्यथा आप कोई अन्य क्वेरी करने में सक्षम नहीं होंगे, लेकिन मुझे नहीं लगता कि डिलीट कोई परिणाम देगा।
while(mysqli_next_result($con)){;} //clear any remaining query results.
यह भी याद रखें कि यदि एक क्वेरी विफल हो जाती है तो बाकी सभी नहीं चलेंगी। इसलिए डिबग करने के लिए पहले प्रत्येक क्वेरी को अलग से चलाने का प्रयास करें और सुनिश्चित करें कि यह सभी काम करता है क्योंकि यह डिलीट स्टेटमेंट क्वेरी चलाने से पहले आपके डेटाबेस का बैकअप लेता है और जरूरत पड़ने पर पुनर्स्थापित करता है।