मैं cgwyllie से सहमत हूं कि आपको एक webservice लिखनी चाहिए जो JSON (या XML) को वापस करने के तरीकों के साथ आपके डेटाबेस में एपीआई के रूप में कार्य करेगी।
webservice विधियों को तब आपके फोनगैप प्रोजेक्ट से बुलाया जा सकता है (मैं jQuery AJAX api http://api.jquery.com/jQuery.ajax/ )।
मैं सिर्फ PHP में webservice लिखूंगा या जिस भी भाषा से आप परिचित हैं।