इस के उत्तरों में से एक के अनुसार प्रश्न, आपकी समस्या MySQL 5.6 में परिवर्तन के कारण हो सकती है (देखें InnoDB Notes on https://dev.mysql.com/doc/relnotes/mysql/5.6/hi/news-5-6-20.html ):
यदि आप innodb_log_file_size . को बदलते हैं तो क्या यह मदद करता है 50M से बड़ा कुछ करने के लिए? (उस चर को बदलने के लिए सही ढंग से काम करने के लिए कुछ चरणों की आवश्यकता होती है: