आपने एक JRE स्थापित किया है, JDK नहीं।
JNI नेटिव कोड को संकलित करने के लिए, आपको एक JDK इंस्टॉल करना होगा, जो उपयुक्त jni.h हेडर के साथ-साथ OS विशिष्ट हेडर के साथ आता है।
जब आप ऐसा करते हैं, तो अपना शामिल पथ अपडेट करें
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux