आप इसे एक अलग अद्यतन विवरण के साथ कर सकते हैं
UPDATE report.TEST target
SET is Deleted = 'Y'
WHERE NOT EXISTS (SELECT 1
FROM main.TEST source
WHERE source.ID = target.ID);
मुझे आपके MERGE स्टेटमेंट में इसे एकीकृत करने का कोई तरीका नहीं पता है।