आपको बस अपने कोड को ऐरे पर लूप करने के लिए संशोधित करना होगा।
db.dummy.find().forEach(function (doc) {
doc.data.forEach(function (currentValue, index) {
doc.data[index].mongodbdate = ISODate(currentValue.mongodbdate);
});
db.dummy.save(doc);
})