समस्या यह थी कि मैं पासपोर्ट में फ़ील्ड को पॉप्युलेट नहीं कर रहा था।
//deserialize
passport.deserializeUser(function(id, done) {
User.findById(id)
.populate('companyRoles._company', ['name', '_id'])
.run(function (err, user) {
done(err, user);
});
});