मुझे अपेक्षाकृत छोटे डेटाबेस (12GB) के साथ mongo 3.0.0 और 3.1.9 के साथ भी यही समस्या थी।
इस पर लगभग 4 घंटे का समय बर्बाद करने के बाद मुझे छुपा . का उपयोग करके समाधान मिला पैरामीटर
mongorestore --batchSize=10
जहां संख्या आपके डेटा की प्रकृति के आधार पर भिन्न होती है। 1000 से शुरू करें।