MongoDB 3.2 (नवंबर 2015 में जारी) एक एन्क्रिप्टेड स्टोरेज इंजन प्रदान करता है। सम्मिलित करने से पहले या संपूर्ण ड्राइव को एन्क्रिप्ट करने से पहले अपने डेटा को एन्क्रिप्ट करने के लिए तीसरे पक्ष के एपीआई का उपयोग करने की आवश्यकता नहीं है। आप यहां अधिक विवरण पा सकते हैं। हालांकि, ध्यान दें कि यह केवल एंटरप्राइज़ संस्करण के लिए ही ऑफ़र किया गया है।
यह WiredTiger स्टोरेज इंजन के साथ काम करता है, जिसे 3.0 से डिफ़ॉल्ट MMAPv1 स्टोरेज इंजन के विकल्प के रूप में शामिल किया गया है। यदि आपका डेटाबेस अभी भी MMAPv1 का उपयोग कर रहा है, तो डेटाबेस को MMAPv1 से WiredTiger में बदलने के चरणों के लिए इस गाइड को पढ़ें।
जैसा कि फर्नांडो पाज़ ने टिप्पणियों में उल्लेख किया है, एन्क्रिप्टेड स्टोरेज केवल मोंगोडीबी एंटरप्राइज संस्करण में उपलब्ध है।