cat
बस फ़ाइल को पढ़ता है, यह फ़ाइल को json के रूप में पार्स नहीं करता है।
कोशिश करें:
var file = JSON.parse(cat('/home/vivek/locationCoordinates.json'));
db.geoPolygonData.insert({"polygonName":"location6", "polygons":{"type":"Polygon", coordinates:[file]}});