नेवला ऑब्जेक्ट आईडी को सरणी से खींचता है

आपको अपनी स्कीमा परिभाषा में प्रकारों को स्पष्ट रूप से परिभाषित करने की आवश्यकता है अर्थात

groups: [{ type: Schema.Types.ObjectId, ref: 'Group' }], 
linkedUsers: [{ type: Schema.Types.ObjectId, ref: 'User' }]

और फिर या तो

User.findOneAndUpdate( 
    { _id: fromUserId }, 
    { $pullAll: { linkedUsers: [idToDelete] } }, 
    { new: true }, 
    function(err, data) {} 
);

या

User.findByIdAndUpdate(fromUserId, 
    { $pullAll: { linkedUsers: [idToDelete] } }, 
    { new: true }, 
    function(err, data) {} 
);