आप आमतौर पर सर्वर पर ही mysql क्लाइंट का भी उपयोग कर सकते हैं। यह आयातित बड़े डीबी के लिए मेरा पसंदीदा है।
mysql -u user -p -h localhost dbname < import.sql
या आपके मामले में कमांड प्रॉम्प्ट पर जाने के लिए (phpmyadmin में SQL विंडो के समान:
mysql -u user -p -h localhost dbname