फ्लास्क-माइग्रेट आपके डेटाबेस में "alembic_version" नाम की एक तालिका बनाएगा।
इसलिए आपको इस तालिका को छोड़ देना चाहिए और अपने प्रोजेक्ट में माइग्रेशन फ़ोल्डर को हटा देना चाहिए।
और फिर $ python app.py db init
फिर से...
मुझे लगता है $ python app.py db migrate
ठीक काम करेगा।