MySQL 5.6 में अपग्रेड करें, जो सबक्वेरी के मुकाबले सेमी-जॉइन को बेहतर तरीके से ऑप्टिमाइज़ करता है।
देखें http://dev.mysql.com/doc/ refman/5.6/hi/subquery-optimization.html
या फिर एक बहिष्करण जॉइन का उपयोग करें:
SELECT COUNT(t1.table1_id) FROM table1 t1
LEFT OUTER JOIN table2 t2 USING (table1_id)
WHERE t2.table1_id IS NULL
साथ ही, सुनिश्चित करें कि table2.table1_id
इस पर एक अनुक्रमणिका है।