यदि कोई अन्य व्यक्ति उसी समस्या पर ठोकर खाता है, और उन्हें PHP स्रोत के माध्यम से 2 घंटे बचाने के लिए, यदि आप पते के चारों ओर वर्ग कोष्ठक लगाते हैं, तो PDO MySQL IPv6 कनेक्शन काम करते हैं।
देखें:https://github.com /php/php-src/blob/master/main/streams/xp_socket.c#L568
उदा.
$pdo = new PDO("mysql:host=[1234:5678::42];port=3306;dbname=foo", ...);