थोड़ी और खोज करने के बाद, मुझे निम्न लिंक मिला जो बताता है कि यह एक MySQL बग है:https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlalchemy/ajYLEuhEB9k
शुक्र है, अक्षम करना supports_san_multi_rowcount मदद की!
engine = engine_from_config(settings, 'sqlalchemy.')
engine.dialect.supports_sane_rowcount = engine.dialect.supports_sane_multi_rowcount = False
मेरे लिए अभी के लिए काफी अच्छा है। पोस्टग्रेस्क्ल से निपटने के तरीके में मुझे एक और दिलचस्प संसाधन मिला है:">https://bitbucket.org/zzzeek/sqlalchemy/issue/3015/deletes-executed-twice-when-using
