बस यहां कोशिश कर रहे हैं (100% आश्वस्त नहीं) लेकिन क्या आपने इस तरह से गंतव्य कॉलम जोड़ने का प्रयास किया:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
आपकी तालिका में तीन कॉलम हैं और आप केवल दो डेटा प्रदान कर रहे हैं।