मुझे भी यही समस्या थी। मैंने ADD COLUMN से पहले CHANGE COLUMN (या MODIFY COLUMN) करके इसे हल किया।
आपके उदाहरण में जो निम्न SQL कथन देगा:
ALTER TABLE `logs`
CHANGE COLUMN `created` `created` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `category`,
ADD COLUMN `updated` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `created`;