मैंने व्यापक रूप से MS SQL सर्वर का उपयोग किया है। मुख्य अंतर यह है कि MS SQL सर्वर केवल विंडोज प्लेटफॉर्म के साथ काम करता है। MySQL सभी प्लेटफॉर्म के साथ काम करता है। MySQL खुला स्रोत है और अब Oracle द्वारा खरीदा गया है, इसलिए कोई भी MySQL के भाग्य को नहीं जानता है। यदि आप .NET या विंडोज प्लेटफॉर्म के साथ काम कर रहे हैं, तो मैं एमएस एसक्यूएल के साथ काम करने का सुझाव दूंगा, अन्यथा स्पष्ट विकल्प MySQL है। लैंप MySQL का उपयोग करता है। Facebook जैसी बड़ी कंपनियाँ LAMP और इसलिए MySQL का उपयोग करती हैं। चेज़ जैसे कई बैंक .NET का उपयोग करते हैं और इसलिए ज्यादातर MS SQL सर्वर। यदि आप विंडोज के प्रशंसक हैं, तो एमएस एसक्यूएल सर्वर चुनें। अगर आप ओपन सोर्स में विश्वास करने वाले लड़के हैं, तो MySQL पर जाएं।