chrom_only आपके शामिल होने के लिए एक खराब अनुक्रमणिका चयन होने की संभावना है क्योंकि आपके पास केवल 22 क्रोम मान हैं।
अगर मैंने इस अधिकार की व्याख्या की है तो start_end . का उपयोग करते समय क्वेरी तेज होनी चाहिए
SELECT `inVar`.chrom, `inVar`.pos, `openChrom_K562`.score
FROM `inVar`
LEFT JOIN `openChrom_K562`
USE INDEX (`start_end`)
ON (
`inVar`.chrom=`openChrom_K562`.chrom AND
`inVar`.pos BETWEEN `openChrom_K562`.chromStart AND `openChrom_K562`.chromEnd
)
