यदि आप उन्हें सुरक्षित रूप से हटाना चाहते हैं, तो मेरा सुझाव है कि आप Percona टूलकिट में pt-duplicate-key-checker का उपयोग करें। यह स्वचालित रूप से आपके लिए ड्रॉप इंडेक्स SQL उत्पन्न करेगा।
बहुत सारे इंडेक्स प्रदर्शन को कम करते हैं, विशेष रूप से अपडेट और इंसर्ट के लिए। बेहतर होगा कि आप उन बेकार इंडेक्स को छोड़ दें।