जब उत्तर ने मुझे मारा, तो प्रश्न लिखना समाप्त कर दिया था, इसलिए ज्ञान साझा करने के लिए वैसे भी पोस्ट करना!
मुझे एहसास हुआ कि मेटाफ़ोन फ़ंक्शन का रिटर्न मान UTF8 था।
एक latin1 फ़ील्ड की तुलना स्पष्ट रूप से काफी भारी प्रदर्शन कर रही थी।
मैंने वेरिएबल असाइनमेंट को इसके साथ बदल दिया:
SET @metaphone_val:= CONVERT(double_metaphone(p_parameter) USING latin1);
अब क्वेरी उतनी ही तेज़ चलती है जितनी मैं उम्मीद करता हूँ।