आपको बस इस तरह से एक जॉइन में अपडेट करना चाहिए
UPDATE
t1 INNER JOIN t2 ON t1.variant_id = t2.variant_id
SET t1.product_code = t2.value
WHERE t2.key_id = 10
AND t2.value IS NOT NULL
उस मामले में नल के बारे में चिंता करने की कोई आवश्यकता नहीं है क्योंकि आंतरिक जुड़ाव केवल उन पंक्तियों का चयन करेगा जहां दोनों तालिकाओं में वेरिएंट_आईडी मौजूद है।