हां, इसका असर हो सकता है।
बेशक दो इंडेक्स डिस्क पर अतिरिक्त जगह लेते हैं और अगर उनका उपयोग किया जाता है तो मेमोरी में भी।
लेकिन वे प्रत्येक चयन के दौरान प्रत्येक इंडेक्स के लाभ की गणना करने के लिए क्वेरी ऑप्टिमाइज़र को और अधिक काम करने का कारण बनते हैं। आपके पास जितने अधिक सूचकांक होंगे, उतने ही अधिक मामलों की तुलना करनी होगी। तो यह वास्तव में अनावश्यक अनुक्रमणिका को समाप्त करने के लिए भुगतान करता है।
जैसा कि अन्य ने भी नोट किया है, अनुक्रमणिका INSERT/UPDATE/DELETE संचालन के दौरान अद्यतन की जाती है, इसलिए आपके पास जितनी अधिक अनुक्रमणिकाएं हैं, उतना ही अधिक ओवरहेड यह दर्शाता है। जिन इंडेक्स का बहुत अधिक उपयोग होता है, वे अपने स्वयं के ओवरहेड को सही ठहराते हैं, लेकिन डुप्लीकेट इंडेक्स अधिक ओवरहेड लेते हैं, जिसका मिलान करने के लिए कोई अतिरिक्त लाभ नहीं होता है।
यदि आप रुचि रखते हैं, तो Percona टूलकिट में एक टूल है पीटी-डुप्लिकेट-की-चेकर जो इस तरह के मामलों के लिए आपकी सभी तालिकाओं की खोज करता है।