config फ़ाइलें ठीक हैं। मूल कारण Ubuntu 16.04 के लिए MySQL 5.6 पैकेजिंग में एक बग है।
अगर आप अपना /var/log/syslog चेक करते हैं तो आपको शायद इस तरह की एक लाइन दिखाई देगी:
Sep 15 18:56:09 ip-172-31-18-162 kernel: [ 383.840275] audit: type=1400 audit(1505501769.234:50): apparmor="DENIED" operation="open" profile="/usr/sbin/mysqld" name="/etc/mysql/my.cnf.fallback" pid=25701 comm="mysqld" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=0 ouid=0
AppArmor नामक एक सुरक्षा उपकरण एक सिम्लिंक की गई फ़ाइल (/etc/mysql/my.cnf.fallback) तक पहुंच से इनकार कर रहा है।
इस समाधान का प्रयास करें, जो mysqld द्वारा सिम्लिंक को पढ़ने की अनुमति देगा।
echo '/etc/mysql/** lr,' >> /etc/apparmor.d/local/usr.sbin.mysqld
systemctl reload apparmor
अब mysqld को आपका कस्टम कॉन्फिगर देखना चाहिए।
ऐसा लगता है कि यह बग MySQL 5.7 उबंटू पैकेज में ठीक किया गया है।