मुझे भी यही समस्या थी जब मैंने डेबियन 8 (जेसी) में MySQL सर्वर को 5.5 से 5.7 तक अपडेट किया। दुर्लभ मामलों में, यह संभवतः तब होता है जब आप संस्करणों के अनुक्रमों को छोड़कर सीधे अपडेट करते हैं। (बहुत से लोग ऐसा करते हैं, लेकिन इस तरह के उन्नयन आधिकारिक तौर पर समर्थित नहीं हैं)। मेरे मामले में, जब मैंने नीचे दिए गए आदेश को निष्पादित किया तो यह ठीक काम करता था:
mysql_upgrade --force -uroot -p
मुझे उम्मीद है कि यह आपकी मदद करेगा